Несебър е един от най-древните градове в Европа, възникнал преди повече от 3200 години. Старият град е разположен на малък полуостров с дължина само 850 м и ширина 350 м, свързан със сушата чрез тесен провлак. Несебърският полуостров - античната Месамбрия, наричана в ранното средновековие Месемврия, а по-късно и Несебър, е заселен още в края на бронзовата епоха. Древните траки са го нарекли Мелсамбрия, което на техен език означава „град на Мелсас” – от името на легендарния основател на селището и тракийската дума за град „бриа”. Месамбрия е имала две удобни пристанища - северно и южно, в които и досега продължават да се откриват останки от оборудването на древните кораби.

В края на VI в. пр. Хр. в селището пристигат първите гръцки колонисти - дорийци по произход. Градът бързо се разраства и се превръща в типичен гръцки полис със съответната структура, функции и управление. Той постепенно се обгражда с масивна крепостна стена, оформят се жилищните квартали, строят се храмове, гимназион, театър. В града се развиват редица занаяти - основно обработка на метал. Месамбрия започва да сече свои монети още в първата половина на V век пр. Хр. – сребърни драхми и оболи, а по-късно и монети от бранз. Най-голям разцвет достига през III-II в. пр. Хр., когато сече и своя златна емисия. Градът поддържа оживени търговски връзки с градовете от Черно, Егейско и Средиземно море. Материален израз на богатия му икономически, културен и духовен живот, са многобройните находки от този период, представени в Археологическия музей.

През 72 г. пр. Хр. градът е завладян без съпротива от римските войски. След временна окупация в началото на I век той е включен трайно в пределите на Римската империя. Месемврия, както вече започва да се нарича градът, е запазила непокътнати крепостните си стени и големите обществени постройки. Тя продължава да сече собствени бронзови монети и остава важен търговски и културен център по черноморското крайбрежие на Римска Тракия. След преместване на столицата на римската империя в Константинопол и приемането на християнството за официална религия се създават благоприятни условия за възраждането на Черноморските градове. В Месемврия се строят нови християнски храмове - базилики, изграждат се крепостни стени, нова водоснабдителна система и градски терми. Всичко това се извършва от водещи архитекти и строители на империята, по подобие на столичните прототипи. Централната църква на Месемврия носи името на Св. София, така както е и в Константинопол.

За първи път градът е включен в пределите на българската държава през 812 г., когато хан Крум го завладява след 14-дневна обсада и тук се заселват славяни и българи. За по-дълго време Несебър, както го наричат славяните, е отново в български ръце в годините на царуването на цар Симеон Велики. През XII и XIII в. градът развива активни търговски връзки със земите от Средиземноморието и Адриатика, както и с княжествата на север от р. Дунав. Строят се и се стенописват църквите “Св. Стефан” (XI в.) и “Св. Йоан Кръстител” (XI в.) - станали прототип на строените по-късно несебърски църкви-шедьоври от ХIII-ХIV в.

В продължение на 62 години от 1201 до 1263 г. Несебър, както и останалите черноморски градове на юг от Балкана, е трайно включен в пределите на Българската държава. Градът играе значителна роля в политическата история на България и Византия по това време, когато на трона са българските царе Калоян, Иван Асен II, Константин Тих.

По това време са построени църквите “Св. Параскева (XIII в), “Св.Тодор” (XIV в), “Св.Архангели Михаил и Гавраил” (XIV в), имащи преки аналогии в столичната търновска архитектура. Несебър поддържа активни търговски връзки с Константинопол, Венеция, Генуа, Пиза, Анкона, Дубровник и др. градове. След близо 40-годишно византийско владичество Несебър е присъединен отново към Българската държава през 1304 год. от цар Тодор Светослав.

Особен разцвет градът преживява при управлението на цар Иван Александър. Строят се нови църкви - “Христос Пантократор” (XIII - ХIV в.), “Св. Йоан Неосветени” (XIV в.), в околностите на града активна духовна дейност развиват редица манастири - “Св. Богородица”, “Христос Акрополит”, “Св. Петър, “Св. Андрей”, “Св. Илия”, “Св. Власий”, “Св. Никола Емонски” - центрове на исихазма в България. Тук се възпитават и бъдещи български патриарси. Царската фамилия и самият цар Иван Александър дават редица привилегии на несебърските манастири и ги даряват богато.

По легендарни данни през своето съществуване Несебър е имал около 40 църкви. В момента има данни за 23 от тях. И сега заради многото и добре запазени църкви, особено от периода XIII - XIV век, градът е наричан от наши и чужди изследователи „българската Равена”. Почти през цялата си история Несебър е бил резиденция на митрополит. Така две от несебърските църкви - “Св. София” и “Св. Стефан” - са повече известни като Старата и Новата митрополия.

През 1366 г. градът е превзет от рицарите на граф Амедей Савойски, след което е предаден във владение на византийския император. Пада окончателно под османско господство заедно със столицата Константинопол през 1453 г.

През вековете на османското владичество стопанският и духовен живот не прекъсва. В града се строят и стенописват църкви, зографисват се икони.

Несебърското пристанище продължава да бъде основен импортен и експортен център на черноморското крайбрежие. До XVIII - XIX век действат и някои от несебърските манастири и техните скриптории.

От епохата на българското Възраждане в Несебър са останали доста къщи -типични представители на Черноморския тип къща, част от многото работили в града вятърни мелници, баня и чешми. От края на миналия век Несебър е малък град с основен поминък риболов и селско стопанство - предимно лозарство и ленопроизводство. От 1959 г., след построяването на Курортния комплекс „Слънчев бряг”, в града и околностите активно се развива международния туризъм.

Заради уникалните си природни дадености и много добре запазените паметници от различни епохи на VII-та сесия на Комитета за Световно Наследство в гр. Флоренция през 1983 г. Старият град Несебър е включен в Списъка на паметниците на Световното културно наследство.