По силата на Правилника за дейността си, Музей „Старинен Несебър” е общински научен и културно-просветен институт, който участва в реализирането на държавната политика по опазване на паметниците на културата в Националния археологически и архитектурно-градоустройствен резерват „Старинен Несебър” и на територията на Община Несебър.

Музеят е юридическо лице със самостоятелен бюджет, второстепенен разпоредител с бюджетни кредити, прилагащ системата на делегиран бюджет.

Основната му функция е събиране, документиране, опазване, научно изследване и популяризиране на паметниците на културата.